Additions
| from | Name | Pos | Team | Team | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 07/1999 |  | Vitalijus Daniličevas | MF |  | FK Ekranas | Ekranas |
| 07/1999 | | Andrius Upstas | MF |  | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas |
| 07/1999 | | Robertas Žalys | FW |  | FK Nevėžis | FK Nevėžis |
| 07/1999 | | Valdemaras Martinkėnas | MA | |||
| 01/1999 | | Gintaras Juodeikis | DF |  | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Edvinas Lukoševičius | DF | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Deividas Lunskis | DF | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Andrius Gedgaudas | MF | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Jonas Jakimavičius | MF | |||
| 01/1999 | | Tomas Kavolis | MF | |||
| 01/1999 | | Robertas Poškus | FW | | FK Atlantas | Atlantas |
Departures
| from | Name | Pos | Team | Team | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 01/1999 | | Marius Poškus | GK | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Gytis Gelgota | DF |  | FK Žalgiris | Žalgiris |
| 01/1999 | | Tomas Žiukas | DF | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Mindaugas Čepas | MF | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 |  | Maksim Razumov | MF |  | FK Gomel | FK Gomel |
| 01/1999 | | Kęstutis Rudžionis | MF | | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas |
| 01/1999 | | Vidas Dančenko | FW |  | FK Elista | Elista |
| 01/1999 | | Audrius Žuta | FW | | FK Atlantas | Atlantas |
| 09/1998 | | Egidijus Juška | FW | | FK Žalgiris | Žalgiris |
| 08/1998 | | Deividas Lunskis | DF | | FK Atlantas | Atlantas |
| 07/1998 | | Julius Raliukonis | DF | | FK Atlantas | Atlantas |
| 07/1998 | | Šenderis Giršovicius | MA |  | FBK Kaunas | FBK Kaunas |